The imoni 2012

10月23日　芋煮が行われました。前日は雲一つない快晴で本番も晴れるだろうと思ったら、なんと雨！どっから雲が来たんでしょうか。


なので室内での開催です。

準備中です。
里芋の灰汁がたくさん出てきて取り除くのに時間がががが

 こちら、山形風調理班。絶妙なチームワークで大きな鍋にも関わらず、完成が一番早かったです。

斉藤「宮城風は俺に任せろっ！」
とのことで、結構がんばってもらいました。

他と比べると小さい鍋なので、結構丁寧に作った鍋番号No.3　大林さんが持ってきてくれました。感謝です！

少し遅れて始まりました。4階の人々も巻き込んで30人弱が集まりました。セミナー室に入るのかと懸念されてましたが、意外となんとかなるもんですね。

みんなからおいしいと好評でした。味付けは当日、私がネットで調べて調味料は集めて、量はさじ加減で、という大雑把ぷりでもなんとかなりました。

誰かが持ってきた唐辛子を持ってきてくれました。なんだか本場のものらしいです。

　　　　　　　　　　　　　　　　　


被害者の様子

なかなか良いリアクションをいただきました。結構辛いらしいです。












被害者の様子　part.2

いきまーす

がぶっ

やはり、辛いらしいですね。

〆のうどんです。カレーの素もあるので使って、カレーうどんにしました。
来年はどんな風な〆になるか楽しみです。



初の室内芋煮になりましたが、無事楽しくできてよかったです。
皆様お疲れ様でした。

写真：岡村さん
special thanks：中村さん
芋煮大臣：浅見

MBCセミナー 4-3: クロマチン構造の調節

担当：藤原
参加者：11名

節の概要：
クロマチンはヒストン修飾と変種ヒストンの存在により多様な構造・機能をもつ。ヌクレオソーム内でのヒストン修飾の伝搬、クロマチンとセントロメアの関係、DNA複製・染色体複製におけるクロマチン構造の継承に関する説明を通して、真核生物におけるエピジェネティックな情報の重要性を示す。

議論した点：
1. 障壁配列がない場合、ヘテロクロマチンからユークロマチンへの広がりはどのようにして止まるのか
・ランダムではないか
　　- ランダムだとしたら、ヒストン間で広がりが停止する確率・分布は？
・ヒストン修飾の読み取り・書き込みを行うタンパク質複合体がトリガーとなっているのではないか
　　- このトリガーは通常のタンパク質複合体と同じ？
　　- このトリガーはDNAの長さ・核の大きさに左右される？
　　- （ジュラシックパークの例え話など…）

2. DNA情報とエピジェネティックな情報ではどちらの情報の割合が多いのか
・そもそもDNA情報とエピジェネティックな情報はどうやって比較するか
　　- 遺伝子発現量 or 遺伝子突然変異？
・そもそもエピジェネティックな情報とはどんなものか
　　- DNAにおけるATGCのようにパターンは決まっている？
　　- ヒストン修飾の違いを利用した間接的なパターン推定？
　　- （エピジェネティックマイクロアレイがあれば…）

他の議論点：
・DNA情報とエピジェネティックな情報それぞれが及ぼす影響の度合い
・DNA情報とエピジェネティックな情報それぞれがもつ各機能との相関
・ヒストン修飾の種類や機能はどこまでわかっているのか
・変種ヒストンの保存度が低くても大丈夫な理由
・変種ヒストンの種間でのバリエーションはどのくらいか
・iPS細胞ではエピジェネティックな情報はリセットされるのか
・ヒストンH4に変異があったら何が起こるか
・ヘテロクロマチンがどう必要なのか

感想：
議論では疑問点が多く残りましたが、どれも重要な話題だと思います。
特に、エピジェネティックな情報に関しては、その性質やDAN情報との関係について、さらなる理解が必要なのではないでしょうか。
また、エピジェネティックな情報のデータベースが実現したら面白そうだと感じました。

MBCセミナー4-4:染色体の全体構造

担当：伊藤
参加者：１１名

節の概要：ランプブラシ染色体や多糸染色体を用いて、間期染色体の構造を調べることができる。間期ヒト細胞ではそれぞれの染色体が特定の位置を占める傾向があるが、遺伝子発現のために移動する。有糸分裂時には間期染色体よりもさらに凝縮した構造をとっている。

議論１：人によって染色体の位置は異なるのか

• 染色体の位置は変わらない⇔発現のための染色体の移動、分裂時の移動
• 4Cによると染色体の位置は人によって変わらない結果？
• 人によって変わらない利点
• 制御しやすい？
• 隣り合う染色体がつながる機構があるのか？

議論２：２つの相同染色体が同じ場所にない理由

• たまたま？
• 隣り合う染色体の好みが決まっている？→１２、８、３番染色体
• 片方が不活化されている？

他の議論点

• 遺伝子発現に適した部位に移動するしきい値
• ランプブラシ染色体がなぜこの形をとるのか
• 遺伝子が移動するときにからまないのは？
• ヘテロクロマチンの種類による違い。何種類あるのか？
• 有糸分裂時に凝縮する必要性
• 染色体の位置は核外からの影響に対して頑健であるか
• 染色体が凝縮している時としていない時のエネルギー差
• 核内小区間の場所はきまっているのか？

MBCセミナー 3-2: タンパク質の機能

担当: 田高

参加者: 12名

節の概要:

タンパク質はそれぞれ決まったアミノ酸配列、それに起因する特定の三次元的な形に折り畳まれる。しかしながらタンパク質は固い塊ではなく精緻な動きができる部分があり、その力学的な動きと化学反応が連動する。そのような共役が生きている細胞の動的過程を支える能力をタンパク質へ与える源となっている。この節ではタンパク質が特定の分子に結合し、活性へつながる仕組みが説明される。

議論した点: 他の分室結合しないタンパク質はあるのか?

・教科の回答

　・「他の分子と結合しないタンパク質はない」

・他の分子と結合しないようなタンパク質として考えられる例

　・アクチン

　　・自分自身と結合して繊維状になる

　　　・先端は他の分子と相互作用しないのか?

　・水晶体

　　・物理的な作用を通して機能を果たしている

　・狂牛病 βプリオンの例

　　・積み重なっているだけ?

・役割がないタンパク質はいるのか?

　・いても分解される?

　　・どのようなものが分解されるのか?

　　　・形が崩れているもの

　　　・目印がついているものetc

・結論

　・結合しないものはいるかもしれないが、水晶体のように場に対して物理的な作用を通して何らかの機能を果たしているのではないか?

他の議論点

・Cdkタンパク質が活性化されるトリガーとなる入力の数は減らせないのか

・酵素が自ら能動的に働くことはないのか

・タンパク質でエネルギー等を蓄えることはできないのか

・レチナールが光を検出する際の科学的な反応

・PPIネットワーク中における最大の相手数とそのハブが果たす機能

・タンパク質制御におけるPositive Feedbackの使い道

・なぜGタンパクはATPではなくGTPを使うのか

・超音波を使ってタンパク質の結合を制御できないのか

・PPIにおけるハブタンパクと生物種間の複雑性に相関はないのか

・抗体はなぜY字型なのか

・なぜ酵素は熱をエネルギーにできるのか

MBCセミナー 3-1: タンパク質の形と構造

担当：齊藤
参加者：１３名
節の概要：まず、アミノ酸の並び方からタンパク質の立体構造が決定される仕組みについて述べられ、その後に原子レベルでのタンパク質の構造をもとに、タンパク分子の形状が細胞内での機能を決める仕組みが述べられている。

議論した点：　形が全く違うが同じように働くタンパク質は存在するか
・触媒部位が同じならほかの部分が違っていてもかまわないのではないか
　・機能を調節する部位も存在する
・別な形で同じ働きをするタンパク質は存在しうるが、一つあれば十分なので、あまり存在しないのではないか
　・外部の環境によっては別な働き方のタンパク質が有利になることがあるかもしれない
・あるタンパク質にある物質が結合するというミクロの面では最適化されているかもしれない。しかし、もっと大きなレベルでみると別な形のタンパク質のほうがいいことはあるかもしれない。


他の議論点：
・アミノ酸の持つ電荷はどのように得られたのか
・安定な三次構造をとれるタンパク質ととれないタンパク質の違い
　・2種類以上の安定した構造を持つタンパク質は作れないか
・αヘリックスとβシートが共通の折り畳みパターンとして用いられたことの必然性はあるか
　・ほかにも共通したパターンは存在しないか
・タンパクモジュールにβシートが多いのはなぜか
・欠陥タンパク質は自然淘汰されたと考えられるが、それはどのように選ばれたのか
・生物の複雑性とは


感想：
タンパク質は普通、特有の三次元構造を持っている一方で、明確な構造を持たないタンパク質もまた多く存在することを初めて知り、驚きました。
タンパク質は非常に複雑であり、タンパク質の多様性について興味を持ちました。

MBCセミナー 2-3: 食物からのエネルギー獲得

担当：沼倉
参加者: 15名
節の概要: 生物が生きるためにはエネルギーが必要である．動物は食物を分解することでエネルギーを獲得する．この節では糖の分解を中心にエネルギー獲得の過程をみる．

議論1　解糖系よりも効率の良い糖の分解経路はないのか．

・解糖系が最大のゲインであるかは，入力と最終産物の自由エネルギーの差から推定できる？
・多段であるステップをスキップできたりしないだろうか．
・中間産物をつくって多段であることの冗長性が系をロバストにしている．
　・中間産物が他の生合成経路も使われる．
・グルコースではなくフルクトースが単位ではだめなのだろうか．

議論2　なぜ脂肪が蓄えられているのに，さらに食物を取り入れるのか．

・過剰な脂肪が疾患の危険性を高めることがある．
　・脂肪が過剰なのは現代のヒトに限ったこと？
　・野生動物ではどうか．
　・食べられるときに食べられるだけ食べるとして，それは生存上有利なのか．

・筋肉中のグリコーゲンが脂肪より先に利用される．
　・筋肉はどこまで減るのか．
　・筋肉が減ることがエネルギー消費総量を減らすことにもなる？

他の議論点

・なぜ回路状の経路が進化上でき得たのか．
・なぜヒトなどでは窒素や硫黄を直接取り入れないようになったのか．
・進化上，非解糖系の経路の可能性はないか．
・冬眠状態のエネルギーの使われ方．
・代謝のネットワークは最適解なのか．
など

MBCセミナー1-3: 真核生物の遺伝情報

担当：藤原
参加者：９名
節の概要：真核細胞の話から始まり、真核生物のゲノムやモデル生物、そしてその解析の難しさなどが述べられている。

議論した点：
・ミトコンドリアが細胞に吸収されたのはなぜか

大気が酸素に富むようになり、宿主(嫌気性)がミトコンドリア(好気性)を利用した

ミトコンドリアDNAでは変異が起こりやすいため、宿主DNAへ遺伝子が移った

エネルギーの供給と引き換えにミトコンドリアは宿主に機能を任せた

他の議論点：
ミトコンドリアはなぜ細胞外に排出されなかったのか

細胞内での分解の流れ

葉緑体をもつ動物は存在するか

ミトコンドリアとその宿主はどちらが先に発生したのか

トラフグのゲノムが小さいわけ

ショウジョウバエの特定の染色体が巨大なわけ

調節DNAの仕事の流れ

感想：

節の構成もそうでしたが、議論点がミトコンドリアに集中しました。

ミトコンドリアが独自のDNAをもつことを初めて知り、細胞単位での生物の進化や共生に興味がいっそう湧きました。