[火曜討論会2015] Nature Podcast(2015/8/20) Sideways genes

担当：小舘
参加者：9名

音源：
http://www.nature.com/nature/podcast/index-2015-08-20.html

元論文：
Ku, Chuan, et al.
"Endosymbiotic origin and differential loss of eukaryotic genes."
Nature 524.7566 (2015): 427-432.
http://dx.doi.org/10.1038/nature14963

概要：
　真核生物遺伝子のクラスタリングと系統発生解析で、細胞内共生説と遺伝子水平伝播説を検討。
バクテリアからの遺伝子伝播は偶発的であること、その後の継承は垂直であること、水平伝播は起こることもあるが長期的な進化には寄与しないことを示す。

議題：
データベースの情報を使うことのメリットとデメリット

→ 今回の論文は実験は行わず、DB解析によって知見を得ている。
　自ら実験を行わないということの影響は？


●肯定的見解
・（今のところ）データが増えるほど解析精度が上がる、という状況もある
・メタ解析によって手法の可否などを問題解決
・実験は実績を求めてしまうので、DBを使えば公平性？

●否定的見解
・データの信用度はどうか
・[データ→解析]という1つの論文の、[データ]から更に解析
　→条件が不明なときは不都合（GWASは構造が大事）

↓
●よいDBとは
・実験の条件を網羅しておく
　- フレーム問題は？
　- 個人情報の問題（ヒトの場合）
　- → 将来、自動実験が実現したら網羅はできるかも


●その他の話題
・「データとったよ」論文 / 「データ解析したよ」論文
　- 一本ならばストーリーはシンプル。インパクトも？
　- 別々に論文化することで査読をラクに
・データに価値か、知見に価値か
　→ アトラス的なものならばデータ自体に価値


●まとめ
　DBをいじりまわす側としては念頭に置いておくべき話題かもしれない。