[火曜討論会2015]NaturePodcast(2014/11/06) Colossal Cretaceous critters

担当：佐藤(壮)
参加者：9人

概要
絶滅した哺乳類であるゴンドワナテリウム亜目は最も謎の多いグループである。今回初めて発見されたゴンドワナテリウム亜目の頭蓋骨の化石から、この新種は大きな体躯と高い周波数を捉える耳、鋭い嗅覚をもった俊敏な生物であったことが予想される。http://goo.gl/vXr6az SS

議論点
化石の残らなかった生物について存在や特徴を予想できるだろうか

生物の化石 = 化石燃料、骨、型、生痕

新発見の化石　　⇒　未発見の生物についての予想
例：捕食者　　⇒　餌となる生物が予想される

ビンタナ・セルティチを例にとって考える
　ー超音波が聞こえた
　　　聞こえる必要がある環境下にいた？　超音波を出すような餌がいたとか
　　　超音波は出すことが可能だっただろうか？
　　　聞くだけで有益な情報となりうる？
　ー大きい目
　　　暗くても視界を確保できる　夜行性？
　　　超音波が聞こえるのも暗闇に適応するため？
　ー大きな嗅球
　　　鋭敏な嗅覚
　ー高い咀嚼力
　　　硬い植物も食べられる
　ーかなり俊敏な動きができた

化石から読み取れたビンタナ・セルティチの情報から予測される周囲の状況
・超音波を出すような餌、もしくは天敵がいた
・俊敏さを活かせるような地形だった
・超音波を出すような餌がいたとしたら、ビンタナ・セルティチは雑食性だった

まとめ
　生物が化石として残るには様々な条件が必要である。それを考えると、化石として残らなかった、もしくは未発見の生物がいることを考えるのは妥当である。
　ある生物どうしが捕食ー被捕食の関係にあったということは、片方からもう一方の生物を予測する上でわかりやすい情報だと考えられる。それらの情報は、その生物の全体像をつかむには不十分かもしれないが、ある程度の特徴を捉えることはできそうである。

[火曜討論会2015]大学生物の教科書 21章 地球上における生命の歴史

担当：田河
参加者：9名
 

概要：
・地球上における生命の歴史を知る上で化石は重要な情報源であり、現在までにその化石の生きていた年代を正確に特定できる方法がいくつも生まれた
・様々な要因によって地球の環境は時代を経るごとに変化しており、その都度種の大量絶滅や新たな種類の生物が登場した

議論：

　環境の変化に対して柔軟な（強い）生物とはどんなものか

●現在環境の変化に対して強い生物はいるか

→クマムシ、ゴキブリ（寒さには弱い？）、肺魚（乾眠）

体が小さいほうが生命維持エネルギーが少なくてすむので有利そう

 

●環境の変化というのもどのくらいのレンジで考えるべきなのか

→現在も長い目で見れば寒冷の時期。よってゴキブリも実は寒さには強い？

●環境変化の少ない場所で生活することで生き残る種もいる

 →シーラカンス

●そもそも種として生き残れば良いのか？

→プラナリア（体を分割できる）

・種として生き残れば良いのであれば数が多く、進化速度の早いもの（単細胞生物等）が有利

・人間も知識や科学を用いれば種としての適応力があるとも言える

 

●まとめ

環境の変化に強いと一言に言っても種として生き残れば良いのか、個別に強いほうが良いのかが大きな疑問として上がった。

長期的な生存を考えるとやはり種として環境変化に強いほうが自然で、その場合では種の多さ、進化速度が他を比べて圧倒的に早い小さな生物（単細胞生物等）が環境変化に対してかなり柔軟ではないかという結論になった。

 

環境の変化の少ない場所に棲息することで絶滅を回避するシーラカンスのような生き物もおり、様々な生存戦略が存在することもわかった。

[火曜討論会2015]大学生物の教科書 20章 種分化

担当：佐藤広
参加者：9名

概要：
　種分化とは同種の集団間で生殖隔離(遺伝子の交換ができない状況)が生じて新たな種が形成されることである。

議論：

　人類(ホモ・サピエンス)の種分化が進む可能性 

●本議論における種の定義
・遺伝子

●ホモ・サピエンス以前の種分化の原因
・大陸移動→食性、気温

●ホモ・サピエンス以後の種分化の原因(予想)
・大陸移動→可能性低(技術の進歩より)
・外界との接触を断つ
・他の星に移住
・クローン、遺伝子組み換えにより交配が停止

●種分化の結果
・外界との接触を断った場合→抗体の減少等
・他の星に移住した場合→その星の環境に適応(重力の変化による骨の強度の変化等)
・クローン、遺伝子組み換えにより交配が停止した場合→理想を求めれば多様性は失われる？

●まとめ
人類の種分化の可能性は存在し、過去の種分化とは違った原因で種分化していくと思われる。
またクローンや遺伝子組み換えを考慮した種の定義について議論する必要がある。

[火曜討論会2015]Nature Podcast(2014/10/30) Cites for sore eyes

担当：安澤
参加者：9人

概要

被引用数が最も多い論文の集計結果。トップを占めるタンパク質質量解 析手法の論文のように生物学における実験手法に関する論文が多く、ノーベル賞の対象となったような有名論文はトップ 100にない。被引用数が論文の重要度を表す全てではない。

―― Nature Podcast: Cites for sore eyes (Text) 

News Feature: The top 100 papers

議論

引用数を用いない、論文のより良い評価方法について

○どのような評価方法や指標が考えられるだろうか

• 論文が読まれた数
• オンラインであれば閲覧数・ダウンロード数・コメント数など
• ただし過去の論文では使えない指標
• 有用性を定量できないか
• ジャーナルを評価する（インパクトファクター）
• 研究者・研究機関を評価する
• 論文集合にすることで評価が楽になる可能性
• レビューをつける
• SNSのようなサービス
• 読書メーターのような論文メーターがあったら
• CiteULike: 論文のソーシャルブックマーク
• いいねボタン
• 査読内容はオープンにならないのか？（難しい）
• レビューするコミュニティの存在
• 例：Faculty of 1000
• ある研究（者）が与えた影響の定量
• どのような文脈で引用されたか
• イントロでの引用はあまり重要ではなさそう
• 再現の困難さを定量化
•  GigaScienceのようなデータセットを共に提出するジャーナルなら可能？
• タグから推測
• MeSH Termなど
• 今までにないタグの組み合わせを新しいジャンルや研究として検出？

◯そもそも価値のある論文とは？

• 新しい発見（そもそも新規性がないと論文ではないのでは…） 
• 面白いかどうか
• 難問の解決
• こういった観点から定量化できれば…

◯引用数からは何が解るだろうか

• 同じニュアンスで引用が用いられていない一方、分野横断的に使える指標が引用数しかないという問題
• ジャンルごとに重み付けなど
• 引用先ごとに重み付け
• 他分野で有用な指標があれば便利

 ◯機械学習の利用

• 機械学習で重要な論文をみつけられないか
• そもそも論文のレビューを（半）自動化できないだろうか

まとめ

引用数という指標の不十分さは判りつつも、現状で論文の重要度を担保している他の要素は主にどのジャーナルに掲載されたか、という印象。定量化の難しさはあるが、webサービスや機械学習の応用が進む中で新たな指標の出現に期待したい。

[火曜討論会2015]大学生物の教科書 19章 系統樹の復元とその利用

担当：加賀谷

参加者：9名


概要：
　系統樹は生物の形質から復元でき、生物を分類することができる。また、系統樹を利用することで生物学は比較、予言可能になる。

議題：系統樹とその他のデータの組み合わせることでわかること

　　　系統樹を他の分野で利用する

●系統樹の分類方法

・見た目や形

・遺伝子(分子系統樹)

・機能

・見た目や形は定量化しにくいが、大量のデータを機械的に画像解析等にかけた場合、何か発見があるかも？

・機械学習から、進化先の形質を予想できないか

●他のデータと組み合わせる

・地図と組み合わせてみる方法

　→現在でも、ヒトが地球上にどのように広がっていったかなどに利用されている

　→さらに時間軸等を追加して三次元化して見せる。

・わからない遺伝子などを、分子系統樹から推定する

まとめ

　系統樹は、分岐しながら進化していく過程を視覚的に捉えることができる便利な表現方法だと感じた。地図上に系統樹を描くことで、欠落してしまう情報を補うことができ、さらに三次元化することでもう一種類情報を付加できるため、よりわかりやすい系統樹を作り出すことができる可能性を感じた。

[火曜討論会2015]Nature Podcast(2014/10/23) Dinosaurs of distinction

担当：池野
参加者：9名

元論文：
http://www.nature.com/nature/journal/v515/n7526/abs/nature13874.html

概要：
デイノケイルスは、1965年に初めて化石が見つかって以来多くのことが謎に包まれたままだった。最近新たに発見された2つの標本により、近縁種には無い骨格的特徴が多数判明し、中湿性の環境に生息している巨大な雑食動物であるとわかった。

議題：未来で失われてしまっている情報、残っている情報、残すべき情報はなにか

◆残っている、または残すべき情報
・生物のDNAデータ
⇒DNAが残っていれば生物を復元できる可能性がある
・人間がつけているさまざまな記録は残るであろう

◆失われてしまいそうな情報・・・主に無形の情報
・言語や文化など
・（人間が未発見な）絶滅した生物についての情報
・リアルタイムなデータ
　⇒どの程度細かくとっておくべきか？
・生物の行動（生態学）

◆情報には有形と無形のものがある
●有形の情報について
・将来どんな情報が必要とされるのかはなかなか考えつかない
・とりあえず網羅的にとっておけばいいのではないか
⇒現在、植物の種子を取っておいたりしている（シードバンク）

●無形の情報について
・文化、環境などは記録しておく必要
・生物の行動などの生態学的データ

人間の視覚情報の割合は大きい（80％くらい）
⇒これらは、画像、映像として空間情報を記録することである程度カバーできる？
　⇒全体をまんべんなく、一部は詳しく記録すると良いのでは
　　⇒VRへの応用可能性

◆まとめ
現代では情報化に伴い記録されるデータはどんどん増えてきている。将来どんな情報が必要とされるかわからないので、網羅的に情報を記録しておくことが求められる。そのための一手法として、画像や映像による空間情報の記録があげられる。

[火曜討論会2015] Nature Podcast(2014/10/16) What’s the fracking point?

担当：小舘
参加者：9名

元論文：
http://www.nature.com/nature/journal/v514/n7523/abs/nature13837.html

概要：
シェールガス供給増加はエネルギーシステムを変化させうるが、気候変動緩和政策には必ずしも有効ではないことがシミュレーションにより示唆された。

議題：今後のエネルギー情勢の変化の分岐点では何が起こるだろうか


今使われているエネルギー資源
　原油、ガス、石炭、原子力、再生可能エネルギー、…
　　↓ 移行
将来のエネルギー資源
　シェールガス、微生物、核融合、メタンハイドレート、水素燃料…

●移行の理由として考えられること
・温暖化対策
・現在の資源の枯渇
・コスト
・安全性
・省電力化

●何が変わるか
・発電所の仕事が減る？
　→工業に移行するかも。
・石油産出国の勢力
　→ジェット燃料などで需要は残りそう。
・CO2減少？　生物への影響は？
・地下の汚染

●その他
・今のエネルギーが何に使われているかを知るところから
・コストの観点は強そう