細胞の分子生物学 第8章「タンパク質、DNA、RNAの操作」 1,2,3節

担当：顔
参加者：8名

概要
この章はタンパク質、DNA、RNAなどの細胞の構成成分の研究に用いられる主な技術を紹介します。
第一節に細胞器官を単離する方法蛍光色素標識やレーザー顕微解剖法、またES細胞およびハイブリドーマを紹介しました。
第二節にタンパク質の精製の話をしまして、細胞小器官のホモジェネートに細胞を分画する超遠心法と平衡沈降法二つ方法を分かりしました。
最後の節はタンパク質の解析を紹介します。タンパク質分離技術SDSとイオン交換クロマトグラフィ及び二つの方法を組み合わせた二次元ゲル電気泳動、また特定のタンパク質を同定する免疫プロット及び未知タンパクを同定する質量分析法などを紹介しました。それ以外にタンパク質配列の類似性検査を使って機能の予測、またタンパク質の構造予測から機能の推定までの研究課題をわかりました。

議題
あらゆるタンパク質について、アミノ酸配列からその機能を完全に予測できるようになる日は来るか

現段階の研究：
間接の予測、機能の同定（機能から配列まで）
１、タンパク質や核酸の配列がデータベースに登録されて、わかった遺伝子と比較して遺伝子機能やそれが指令するタンパク質の推測できます。
２、未知機能アミノ酸配列を既知アミノ酸配列のデータベースに類似性検索して、進化の類縁関係を利用して推定します。

直接の予測（配列から構造まで、構造から機能まで）
１、配列から構造まで
タンパク質の構造予測：二次元構造、折りたたれ、三次元構造
ーーCASP（タンパク質構造予測コンテスト）
２、構造から機能まで
似てるタンパク質構造は似てる機能があるかもしれません
変異のシミュレーション
リガンドとタンパク結合部位の予測

そのほか：
タンパク質ネットワークからタンパク質機能の推定
ーーCAFA（タンパク質機能推定コンテスト）

現段階完全できない可能の理由：
コンピュータの性能を向上しても、homology simulation、ab initioにまだ色々な制限があります。

まとめ
以上の方法を使ってタンパク質データがどんどん増えていますが、正しくまた完全的にタンパク質の機能を知るのはまだ長い戦争です。